在北洋集團內部，與袁世凱、馮國璋等元老級人物相比，最多官至陸軍次長、國務院秘書長的徐樹錚只是個小字輩，依靠了皖系首領段祺瑞才能夠在軍政兩界有所作為。可就是這樣一個幕僚型的人物，卻讓袁、馮及黎元洪等總統之流深惡痛絕，這是為什麼呢？

反對帝制，得罪袁世凱大總統

1912年袁世凱竊取辛亥革命成果，登上大總統寶座後，加緊推進帝制計劃，準備過一把皇帝癮。此時，段祺瑞擔任國務總理和陸軍總長，是僅次於袁的二號人物。袁擔任大總統，段有望取而代之；袁一旦當上皇帝，無論早晚，天下都是其長子袁克定的。

為此，身為段祺瑞的智囊和得力助手，徐樹錚幾乎牽頭和參與了北洋系內部反對復辟的一切行動。袁世凱惱羞成怒，將其陸軍次長之職免去。即便如此，1915年12月12日帝制醜劇開始後，徐樹錚依然徑直上書袁世凱，要求其立即取消帝制，並下罪己詔。

目中無人，得罪黎元洪大總統

袁世凱死後，段祺瑞繼續擔任內閣總理，掌握北京政府實權。黎元洪雖然繼任總統，但徐樹錚對這位無權更無兵的傀儡總統，從來就沒有好臉。當得知徐樹錚被任命國務院秘書長後，黎元洪立即搖頭拒絕：「我不能與徐樹錚共事，我怕見他。見了他，猶如芒刺在背」。

誠然，在國務院秘書長徐樹錚看來，黎元洪這個總統就是看大印的。某一天，其送公文去總統府蓋印章，涉及山西省三名廳長更迭，黎稍有詢問，徐竟不耐煩的說：「總統但在後頁年月上蓋印，何必管前面是何事情」。氣的黎元洪大罵：「現在哪裡是責任內閣制，簡直是國務院秘書長制。」

膽大包天，得罪馮國璋大總統

段祺瑞執掌北京政府期間，徐樹錚的權力一度大得驚人，幾乎超過了總統和各部總長；徐的膽量也非常大，對內閣會議結果也敢陽奉陰違。如第一次內閣會議討論李烈鈞與皖系廣東督軍龍濟光爭奪廣東，會議議定去電和解，徐卻擅自發電閩、粵、湘、贛四省出兵圍剿李烈鈞。

直奉對抗期間，直系首領馮國璋擔任總統。1918年1月，馮從日本貸款購買了4個師的裝備，共計步槍2萬7千支，還有大批火炮彈藥等，全部囤積在秦皇島港口。徐樹錚竟然偽造提貨單據，以瓜分這批軍械和副總統寶座為誘餌，引誘奉系張作霖部隊出關，將所有軍械全部劫掠一空。

不過，徐樹錚正是依靠與奉系分贓得來的這批軍火，編練了4個混成旅，並以此為基礎組建西北邊防軍，於1919年6月底收復了外蒙古，在民國歷史上留下了濃墨重彩的一筆。